神界的毁灭源于多重因素的叠加，包括内部权力斗争、外部时空乱流冲击以及金龙王的反扑。毁灭之神因政见分歧发动叛乱，试图扩张神界疆土，但这一行为削弱了神界的防御体系。与此史上最强的时空乱流席卷神界，毁灭之神与生命女神为保护神界选择牺牲自我，最终神界中枢崩溃，神界被卷入未知空间。
毁灭之神的叛乱是神界毁灭的直接导火索。他联合七大原罪神囚禁海神唐三等正义之神，导致神界内部力量分裂。尽管情绪之神霍雨浩等人奋力营救，但神界中枢的防御已被大幅削弱金龙王趁机突破封印，将神核打入唐三之子唐舞麟体内，试图制造人肉炸弹。唐三为保全儿子将其送至斗罗大陆，但神界已无力抵挡时空乱流的冲击。
时空乱流是宇宙中空间位面碰撞产生的特殊能量，其规模达到历史峰值的三倍。神界在失去防御中枢后，神王们虽竭力抵抗，仍无法避免被吞噬的命运。毁灭之神与生命女神以自身神力为代价短暂稳定神界，但最终无法逆转崩溃的结局。神界残骸被乱流卷走，部分神祇失踪，其余则陷入沉睡或流落至其他位面。
神界毁灭后，斗罗大陆的魂兽与人类关系进一步恶化。星斗大森林的主上银龙王苏醒，而唐舞麟在斗罗大陆的成长成为后续故事的关键。游戏剧情中，玩家可通过副本神界记忆体验神界大战的片段，或通过时空幻境探索神界重启的可能性。神界的毁灭并非终点，而是新篇章的起点，其影响贯穿整个斗罗大陆系列。
这一事件在游戏中通过跨服副本神界大陆和角色技能设计得以还原。例如毁灭之神的技能众神黄昏与生命女神的合击技，均体现了原著中神界覆灭的悲壮感。玩家需合理搭配阵营与魂环，才能应对高难度副本中模拟的时空乱流挑战。
